Проектирование противокорабельного снаряда 14Х К-1 Комета III было начато в ОКБ-51 в 1947 году. Для создания системы наведения с радиолокационной ГСН было образовано Специальное Бюро 1, подчинявшееся Третьему ГУ при СМ СССР. Директором СБ-1 стал П.Н. Куксеенко, а Главным конструктором - С. Л. Гегечкори (С. Л. Берия). Основой проекта снаряда первоначально стала компоновка изделия ИХ, на которую установили два ПуВРД Д-7, аппаратуру наведения по трем точкам "Комета I" и активную радиолокационную ГСН "Комета II", работающую на конечном участке. Планировалось первую партию "Комет" испытать с борта Пе-8 только с автопилотом "Аскания", чтобы не ждать поставок аппаратуры наведения. Но вскоре Спецбюро Министерства вооружения изменило задание, потребовав повысить скорость и дальность за счет применения турбореактивного двигателя. Работы были переданы в ОКБ-155, где за основу была принята схема самолета И-300 (МиГ-9) с одним двигателем РД-20. В 1948 г. этом КБ была открыта "тематика Б", работы по которой возглавил М.И. Гуревич.

В ходе эскизного проектирования компоновка была изменена по типу более нового самолета И-310 (МиГ-15). По расчету дальность пуска получалась 200 км при массе 2000 кг, но в ходе дальнейшего проектирования летные характеристики снаряда ухудшились, а вес возрос. Пришлось изменить компоновку носовой части и применить более мощный двигатель РД-500. Носителем был выбран дальний бомбардировщик Ту-4 с РЛС "Комета К-1" (К-1) и двумя держателями БД-КС.

С целью постройки опытной серии самолетов-снарядов и проведения их доводки в процессе испытаний в 1951 г. при заводе " 1 союзного подчинения в поселке Иваньково Калининской области (ныне - г. Дубна) был организован филиал " 2 ОКБ-155 (ОКБ2-155). Руководителем филиала и заместителем Главного конструктора 0КБ-155 был назначен Я.И. Березняк.

До того завод " 1 использовался перед этим как база для КБ по реактивным самолетам немецких конструкторов Бааде и Рессинга. Предприятие имело хорошую производственную базу, но с отъездом немецких специалистов испытывало трудности с кадрами, которые усугублялись удаленностью от Москвы и отсутствием в поселке бытовых удобств. Кроме того, на заводе в плачевном состоянии находилась служба контроля качества, отсутствовала нормативная документация, не было представителей военной приемки. Все это стало причиной того, что задел агрегатов по первым сериям изделия "КС" оказался крайне некачественным - в некоторых местах отсутствовали предусмотренные чертежом заклепочные швы, наблюдались "хлопуны", а из-за того, что антикоррозионное покрытие на одноразовых самолетах-снарядах считалось необязательным многие детали быстро поржавели. Были даже обнаружены смещения стыковых узлов на 10-20 мм от теоретических осей, что делало сборку изделия из таких агрегатов просто невозможной.

Во исправление сложившегося положения начиная с 1952 г. руководство завода во главе с его директором С.И. Белиловским проведена огромная работа. Она включала как технологические, так и организационные мероприятия. Например, выделение участка магниевого литья в отдельное подразделение (до того он входил в участок алюминиевых сплавов) позволило резко снизить загрязняемость отливок побочными веществами и обеспечить стабильность их свойств. В 1953 г. была создана Центральная заводская лаборатория, обеспечившая проведение строжайшего входного контроля материалов.

Для отработки системы управления с участием КБ-1 и ЛИИ были созданы летающие лаборатории на базе самолетов Ли-2 и МиГ-9 и четыре самолета-аналога "К". Последние от штатного снаряда отличались кабиной пилота на месте БЧ, наличием колесного шасси и закрылков. После обширной программы их испытаний со стартом как с земли, так и с Ту-4, которая началась 4 января 1951 г. Первый полет на "аналоге" выполнил Амет-Хан Султан.

В 1952 г. был проведен первый пуск самолета-снаряда с наведением. Он оказался неудачным, но систему удалось довести, и в том же году после успешного завершения СГИ начался серийный выпуск нового оружия. За создание системы "Комета" коллектив ОКБ-155 был отмечен Сталинской премией.
Серийный выпуск самолетов-снарядов КС-1 был развернут на заводе " 1 в Иваньково. Второго июня 1953 г. завод получил номер 256 и был переподчинен МАП, 2 мая 1958 г. пос. Иваньково включен в состав Московской области, а 13 декабря I960 г. объединен с городом Дубна. Все это повысило привлекательность этого места работы для прибывавших молодых специалистов - выпускников авиационных вузов, и обеспечить кадрами расширяющееся производство.

Серийные изделия КС-1 оснащались двигателями РД-500К. Это были обычные "самолетные" ТРД РД-500, прошедшие капремонт после того, как их назначенный ресурс был израсходован. Но по мере наращивания выпуска на снаряды начали ставить новые двигатели РД-500К, отличавшиеся от самолетной модификации применением по возможности более дешевых материалов.

Первые ракетоносцы планировалось применить против кораблей США, ведущих боевые действия в Корее, но к тому моменту еще не было достаточного количества боеготовых экипажей и самолетов. Только в июне 1953 г. в составе ВВС Черноморского Флота была сформирована учебная эскадрилья " 27, а осенью 1955 г. на ее базе был создан 124-й ТБАП ДЦ (позже - МТАП ДД), в составе которого было 12 Ту-4КС, 8 Ту-4 и другая техника. Затем перевооружился на ракетоносцы 5-й МТАП ЧФ. В сумме в эти части поступило около 30 носителей Ту-4К.

В 1954 г. система ракетного оружия "Комета-М" была принята на вооружение Авиации ВМФ СССР. 124-й ТБАП стал учебным, в нем же велись войсковые испытания системы и создавались тактические приемы. В этом процессе участвовали самолеты-аналоги "К". Часть из них была доработана в 1953 г. в вариант КСК (колесное шасси заменили лыжей с деревянным покрытием), а с двух демонтировали кабины и использовали для обучения предпусковым операциям. Кроме того, поступили самолеты-дублеры "Кометы" МиГ-15СДК, на которых отрабатывалось наведение.

В 1954 г. начались испытания реактивного ракетоносца Ту-16КС. От базового варианта он отличался подкрыльевыми держателями БД-187 и РЛС "Комета-Н", установленной в бомбоотсеке. Для отработки новой ракетной системы был создан самолет-дублер МиГ-17СДК. В декабре 1957 г. первый строевой экипаж командира 88-го МТАП ЧФ произвел пуск ракеты с борта Ту-16КС. Самолеты этого типа первыми поступили в части авиации Черноморского, а затем Северного и Тихоокеанского Флотов.

В ходе выпуска снаряд КС-1 модернизировался с участием ОКБ-155, его филиала в Дубне и завода " 256. Так появился вариант с радиолокационным высотомером вместо анероидного. В 1958 г. на изделиях с доработанной системой управления и ГСН дальность пуска благодаря повышению устойчивости захвата возросла с 90 до 130 км. В дальнейшем удалось опустить нижнюю границу пуска до 2 км, а верхнюю поднять до 7 км, но на практике использовался только пуск с малых высот.

Одним из недостатков системы "Комета" была ее подверженность действию радиопомех, как наведенных противником, так и возникающих от взаимодействия каналов наведения при одновременном пуске нескольких снарядов. В 1961 г. появилась помехозащищенная аппаратура, которая ставилась как на вновь поставляемые, так и на ремонтирующиеся снаряды КС-1. Ракета КС-1 оказалась чрезвычайно удачной и состояла на вооружении Авиации ВМФ СССР до семидесятых годов, когда последние самолеты Ту-16КС были оснащены новым комплексом ракетного вооружения К11-16. Часть машин этого типа получили переходные балки под БД-187, на которые можно было подвешивать авиабомбы. Вероятность попадания в цель УР КС-1 в отдельные периоды достигала 80% в простой и 60% в сложной помеховой обстановке. На базе самолета-снаряда КС-1 были созданы система береговой обороны "Сопка", фронтовая крылатая ракета ФКР-1 (КС-7) и система ракетного оружия для боевых кораблей КСС "Стрела" (С-2). На базе самолета-дублера СДК-5 была построена опытная "летающая бомба" наземного старта СДК-7. Кроме того, в интересах ПВО и ВМФ до восьмидесятых годов использовалась ракета-мишень КРМ-1. Ее носителем стал самолет Ту-16КРМ.

В середине 1961 г. 25 самолетов Ту-16КС были поставлены в Индонезию, где они поступили в 41-ю и 42-ю эскадрильи национальных ВВС. Они широко использовались в войне с Малайзией, их видели даже у берегов Сингапура, но особых успехов их экипажи не достигли. После разрыва отношений с СССР эксплуатация индонезийских Ту-16КС прекратилась из-за отсутствия запчастей.

К началу "шестидневной" войны 19б7 г. 20 Ту-16КС имелось у Египта. Атака израильтян застала их на аэродроме, где все они были уничтожены.