Родился 25 декабря 1919 в селе Малая Ничка Минусинского района Красноярского края в семье крестьянина. Детство и юность провёл в городе Минусинск. Окончил среднюю школу. Учился в Канском сельскохозяйственном техникуме, окончил аэроклуб. В Советской Армии с 1939. Окончил Балашовскую военную авиационную школу в 1940. Служил в строевых частях ВВС.

Участник Великой Отечественной войны с июня 1941. В должности командира авиационной эскадрильи 24-го гвардейского бомбардировочного авиационного полка (Авиация дальнего действия) к началу 1944 совершил 336 боевых вылета, со своим экипажем уничтожил на вражеских аэродромах 60 и сбил в воздухе 10 самолётов противника.

Звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" капитану Кретову Степану Ивановичу присвоено 13 марта 1944.

Восемь раз ему приходилось покидать кабину бомбардировщика с парашютом. Однажды после успешного выполнения задания вышел из строя левый мотор. Более 800 километров вёл самолёт на одном моторе и дотянул до своего аэродрома. После налёта на аэродром около города Сарай фашисты потеряли на земле 26 самолётов. В декабре 1944 было поручено вывести из строя усиленно охранявшийся фашистами Керченский порт. Задание было успешно выполнено, но на обратном пути экипажу пришлось выброситься на парашютах над морем в километре от берега. Всего за время войны совершил 400 боевых вылетов. Успешно бомбил войска и объекты врага в боях на Кавказе, Украине, за Кенигсберг, на территории Польши, Румынии, Венгрии, Германии.

Второй медали "Золотая Звезда" майор Кретов С.И. удостоен 23 февраля 1948.

После войны был на командных и штабных должностях в ВВС. В 1950 окончил Высшую офицерскую летно-тактическую школу, в 1958 - Военно-воздушную академию. В Ракетных войсках стратегического назначения с июля 1961: преподаватель, старший преподаватель Ростовского ВКИУ (июль 1961 - ноябрь 1973). С декабря 1973 - старший преподаватель Военной академии имени Ф.Э. Дзержинского. С 1974 полковник Кретов С.И. – в отставке.

Жил в Москве. Умер 19 января 1975. Похоронен в Москве, на Введенском кладбище. 

Награжден двумя орденами Ленина, двумя Красного Знамени, двумя Красной Звезды и медалями.