Родился 8 августа 1911 года в деревне Косари, ныне Унечского района Брянской области, в семье крестьянина. Окончил рабфак в 1931 году. Работал кузнецом на судостроительном заводе в Севастополе. В Красной Армии с 1932 года. Окончил Качинскую военную школу пилотов в 1933 году.

Воевал в Испании с 20 октября 1936 года по 7 апреля 1937 года. Воевал на И-15. Всего сбил 3 вражеских самолета лично, 1 в паре и еще два - группой.

Участник боев с японскими захватчиками у озера Хасан в 1938 году и Советско - Финской войне 1939 - 1940 гг.

В 1941 году окончил оперативный факультет Военной воздушно-инженерной академии. Участник Великой Отечественной войны с июня 1941 года. Командир 2-го ГвИАП полковник  в воздушных боях лично сбил 5 самолетов противника.

1 мая 1943 года Емельяну Филаретовичу Кондрату было присвоено Звание Героя Советского Союза. К концу войны на его счету было 16 воздушных побед, одержанных за все время службы в авиации.

После войны остался в ВВС. В 1951 году окончил Военную Академию Генштаба. С 1968 года генерал - майор Кондрат - в запасе. Жил в Киеве. За время службы был награжден Орденами Ленина, Красного Знамени (пять), Отечественной войны 1-й Степени и Красной Звезды. Автор книги "Достался нам век неспокойный".

Умер на 92-м году жизни 16 августа 2002 года. Последние годы тяжело болел. Похоронен на Байковом кладбище в Киеве.