В 1941 г. после завершения летной подготовки лейтенант Зиннер прибыл в JG3. Однако уже осенью он был переведен во 2./JG27 гауптмана Эриха Герлнтца (Erich Gerlitz).

12 декабря 1941 г. лейтенант Зиннер одержал свою первую победу, сбив Р-40. Нельзя сказать, чтобы начало карьеры Зиннера в качестве летчика-истребителя было очень успешным, так как к июню 1942 г. на его счету было всего шесть побед.

31 мая из боевого вылета не вернулся "Мессершмитт" командира 6./JG27 обер-лейтенанта Эммериха Флудера (Emmerich Fluder). Что с ним произошло, так и осталось неизвестным, и с тех пор Флу-дер считается пропавшим без вести. 4 июня 1942 г. обер-лейтенант Зиннер был назначен на освободившуюся должность командира 6./JG27.

В течение июня 1942 г. дальнейшая летная карьера Зиннера дважды буквально висела на волоске. Сначала 10 июня в бою в районе Бир-Хахейма (Bir Haheim) его Bf-109F был сбит "Спитфайром" Mk.Vb, который пилотировал Чальз Овертон (Charles Overton) из 145 Sqdn. RAF. А спустя две недели, 24 июня, в бою с английскими истребителями "Мессершмитт" Зиннера получил попадание в двигатель и совершил вынужденную посадку.

В течение июля  сентября 1942 г. обер-лейтенант Зиннер одержал 26 побед, и общее число его побед достигло 32. Наиболее успешным для него стал июль, когда он сбил девять "Харрикейнов", три Р-40 и один "Спитфайр".

31 августа 1942 г. в бою в районе Алам-ель-Хайфы (Alam el Haifa) Зиннер сбил "Харрикейн" Мк.П "АХ-А", который пилотировал южноафриканский ас Джон Гейнор (John H. Gaynor) из 1 Sqdn. SAAF, имевший на своем счету пять побед.

1 июня 1943 г. Зиннер покинул JG27, и командиром 6./JG27 вместо него был назначен обер-лейтенант Вилли Кинч (Wiili Kientsch). 30 июля 1943 г. гауптман Зиннер был назначен командиром IV./JG54, которая тогда формировалась на аэродроме Йесау около Кенигсберга.

В боях на Восточном фронте гауптман Зиннер успел одержать только три победы. В конце февраля 1944 г. он был переведен на должность командира I11./JG54, которая действовала в составе ПВО Германии и базировалась тогда на аэродроме Люнебург, в 46 км юго-восточнее Гамбурга.

6 марта 1944 г. в районе Оснабрюка Зиннер сбил В-17, однако и его "Мессершмитт" был подбит заградительным огнем с бомбардировщиков. Зиннер получил тяжелое ранение, но все же смог выпрыгнуть на парашюте и был отправлен в госпиталь1.

После излечения гауптман Зиннер 12 июня 1944 г. был назначен командиром I./JG27 вместо гауптмана Вальтера Блуме (Walter Blume) и оставался на этой должности до 1 августа.

Осенью 1944 г. Зиннер был направлен в опытное командование "Лехфельд", где начал летать на Ме-262.26 ноября 1944 г. он одержал свою первую победу на нем, сбив в районе Мюнхена P-38J из 1FG. Пилот "Лайтнинга" лейтенант Юлиус Томас (Julius Thomas), выпрыгнув на парашюте, попал в плен.

1 января 1945 г. майор Зиннер был назначен командиром III./JG7, которая благодаря его усилиям затем стала первой и фактически единственной полноценной боевой группой истребителей Ме-262 в Люфтваффе.

3 марта 1945 г. Зиннер сбил В-24 из 467BG. 7 марта в районе г. Йютербога, в 60 км юго-восточнее Бранденбурга, его жертвой стал Р-51. Затем в своем боевом донесении Зиннер очень лаконично описал этот вылет:

"Взлет по тревоге из Бриста в 13.04. После долгого поиска над Йютербогом была обнаружена и атакована эскадрилья "Мустангов". В результате "Мустанг" взорвался. Получил легкие повреждения от разлетающихся фрагментов вражеского самолета. Из-за отсутствия топлива двигатели встали. Совершил благополучную посадку в Бристе с выпущенными шасси".

Утром 4 апреля 1431 В-17 и В-24 из 8-й воздушной армии США под прикрытием 866 истребителей совершили налеты на порты Гамбурга и Киля, кроме того, их целью были пять аэродромов, расположенных в северо-западной части Германии, включая Пархим. Ме-262, базировавшиеся в Пархиме, получили приказ на вылет только в 09.15, т.е. когда в районе аэродрома уже появились американские истребители. Это была трагическая ошибка немецкого командования, и ее результат оказался самым плачевным. "Мессершмитты", пытавшиеся на низкой высоте собраться в боевой порядок, были внезапно атакованы "Мустангами" и "Тандерболтами". В результате были сбиты и погибли пять пилотов, а трое включая майора Зиннера, получили ранения. 

Затем Зиннер, для которого этот вылет стал последним боевым выпетом, вспоминал:

"04.04.1945 г. я поднялся из Пархима, чтобы атаковать вражеские бомбардировщики. Еще до того, как мы взлетели, прииию сообщение, что над аэродромом на высоте 8000метров обнаружены вражеские истребители. Но, судя по звуку двигателей, их высота была значительно переоценена. Иногда мне казалось, что они находятся прямо над слоем облаков на высоте 400 метров.

Описав над аэродромом полтора круга, я собрал семь самолетов, в то время как другие оставались позади на расстоянии визуального контакта. Набирая высоту сквозь узкий зазор в облаках, я заметил выше и слева четыре самолета, чьи крылья сверкали на солнце словно лезвия. Поскольку я имел еще небольшую скорость и не мог уйти от них, я немедленно начал крутой разворот в их направлении. "Тандерболты" перешли в пикирование. Я собирался сделать то же самое, когда заметил четыре "Мустанга", преследовавших одиночный Ме-262. Пытаясь спикировать на них, я внезапно увидел еще четыре"Мустанга", приближающихся ко мне справа сверху. Я начал разворачиваться, но попет под мощный огонь. Вертикальные маневры или пикирование, чтобы набрать скорость, были уже невозможны из-за близости земли.

Теперь меня уже непрерывно атаковали восемь "Мустангов". Первый раз я получил попадание при попытке уйти в облака. Еще до этого, поскольку позади меня бычо два "Мустанга", я решил избавиться от ракет, чтобы самолет мог получить затем дополнительную скорость. Однако выпустить ракеты не удалось. В то время какя переключал кнопки вооружения, кабина начала заполняться дымом. Я снова подвергся атаке и увидел, что левое крыло загорелось. Огонь быстро приближался к кабине. После нескольких маневров я решил выпрыгнуть на парашюте.

Я покинул самолет на скорости около 700км/ч, не задев при этом за поверхность киля. Но сразу эice увидел, что ранец парашюта порван и что моя правая нога запутывается в подвесных ремнях и стропах. Я был твердо убежден, что парашют был оторван от подвесных ремней. Поскольку земля была уже близко, я все равно потянул заручку вытяжного шнура. Мою ногу резко дернуло, и я три раза перевернулся в воздухе, но, к своему удивлению, увидел, что купол открьтся. Остался только один ремень, связывавший меня с парашютом, из-за чего его купол раскрылся не полностью.

Я приземлился на вспаханное поле. Хотя нажал на замок и застежка привязной системы открылась, я остался пристегнутым к парашюту, и меня протащило по земле приблизительно 20 метров прямо к изгороди из колючей проволоки. В ходе этого меня обстреляли два "Мустанга". Пока они могли меня видеть, я оставался неподвижным. Когда "Мустанги" начали вираж, чтобы сделать новый заход, я отбежал метров на 25 от парашюта и укрылся в борозде. Они обстреляли мой парашют, но их огонь не был точен. В конце концов, вероятно, из-за зенитной артиллерии, расположенной в Редлине, они улетели".

Выпрыгивая из горящего "Мессершмитта", Зиннер получил тяжелые ожоги лица и рук, а затем довольно сильно ударился о землю.

Всего в ходе Второй мировой войны Зиннер выполнил 390 боевых вылетов и одержал 39 побед. Он сам двенадцать раз был сбит, при этом в трех случаях он выпрыгивал на парашюте и пять раз был ранен. Трижды Зиннер совершал вынужденную посадку на вражеской территории, но каждый раз возвращался. Один раз он добровольно приземлился за линией фронта, чтобы вывезти своего сбитого товарища.

После окончания войны Рудольф Зиннер жил в г. Линце в Австрии.

Me.262 A-1a Рудольфа Зиннера, III/JG 7 Briest 1945 год