Первый прототип самолёта поднялся в воздух 5 апреля 1942 г., однако по сравнению со своим американским аналогом испанский самолёт оказался не столь удачным. В полёте HS-42 был неустойчив, а при посадке на небольшой скорости самолёт легко терял высоту, угрожая разбиться о землю. Это делало его мало доступным для лётчиков с низкой квалификацией. Было даже высказано мнение, что самолёт опасен для полётов и совершенно не приспособлен для начального обучения пилотов. С другой стороны, HS-42 показал на испытаниях максимальную скорость 325 км\ч и мог подниматься на высоту 6100 метров.

Заказчик остался не слишком доволен предъявленными показателями, но надеяться только на экспортные поставки техники означало поставить себя в зависимое положение. После серии доработок, завершившихся уже после окончания Второй Мировой войны, самолёт всё же приняли к серийному производству, которое организовали на предприятии Hispano-Suiza.

Первая партия машин получила обозначение Е.6, а вторая (модифицированная) – ES.6 или по внутрифирменному реестру HS-42B.

Тренировочные самолёты HS-42, несмотря на имевшиеся недостатки, обладали хорошими эксплуатационными показателями и активно использовались на протяжении почти 30 лет. Одни из последних самолётов этого типа продолжали летать в авиационной школе Cuatro Vientas, где на них проходили обучение пилоты испанских ВВС. Вывод самолётов HS-42 из состава тренировочной авиации завершился к началу 1970-х гг.

За HS-42 последовала модернизированная версия самолета, получившая обозначение HS-43. Эта модификация отличалась двигателем Armstrong Siddeley Cheetah 25(27), убирающимся шасси и наличием двух 7.7-мм пулеметов  Breda-Safat , размещенных в крыльях.