Результаты испытаний проходивших в 1957 г., в ходе которых было осуществлено 10 пусков по двум программам быстро выявили вышеуказанный недостаток и оснащенный этим же оружием СМ-6 (созданный на базе перехватчика МиГ-19П) оборудовали РЛС обнаружения и целеуказания «Алмаз-3». Правда, пушечное вооружение для экономии веса при этом сняли. Важнейшим отличием двух построенных прототипов (помимо новых ракет) стало отсутствие замков для подвесных баков, место которых заняли автоматические пусковые устройства АПУ-5М-К. В специальных гондолах под крылом устанавливались фотоаппараты Е-13-300 и АКС-2.

В 1957 г. были выполнены следующие работы:

• на СМ-6 №210101 - программа по определению дальности обнаружения и захвата, а также точности автосопровождения станции "Алмаз-3". Кроме того, выполнено 25 пусков ракет К-6 различных модификаций для определения характеристик устойчивости и др.

• на СМ-6 №210102 - программа по определению работоспособности станции "Алмаз-3" и сняты ее основные характеристики.

В первой половине 1958 г. испытания продолжались, но в соответствии с приказом МАП от 2 апреля 1958 г. в связи с прекращением работ по системе К-6, работы по самолетам СМ-6 в мае 1958 г. были прекращены.

Фактически обе ракетоносные «шестерки» являлись не прототипами перехватчика, а летающими лабораториями для испытаний новой СУВ.